根據(jù)DNA擴增的目的和檢測的標準可以將PCR儀分為普通PCR儀，梯度PCR儀，實時熒光定量PCR儀，原位PCR等幾類。

1.普通PCR儀

    普通PCR儀：一次PCR擴增只能運行一個特定退火溫度的PCR儀。假如要用它做不同的退火溫度則需要多次運行。主要是用作簡單的，對目的基因退火溫度的擴增。主要應用于科研、教學、臨床醫(yī)學、檢驗、檢疫等。

2.梯度PCR儀

    梯度PCR儀：一次性PCR擴增可以設(shè)置一系列不同的退火溫度條件（通常12種溫度梯度）的PCR儀。由于被擴增的不同的DNA片斷其的退火溫度不同，通過設(shè)置一系列的梯度退火溫度進行擴增，從而一次性PCR擴增就可以篩選出表達量高的退火溫度進行有效的擴增。主要用于研究未知DNA退火溫度的擴增，這樣既節(jié)約時間，也節(jié)約經(jīng)費。在不設(shè)置梯度的情況下亦可當做普通的PCR用。多應用于科研、教學機構(gòu)。

3.實時熒光定量PCR儀

    在普通PCR儀基礎(chǔ)上增加一個熒光信號采集系統(tǒng)和計算機分析處理系統(tǒng)，就成了熒光定量PCR。原理同普通PCR擴增儀，只是在PCR擴增時加進的引物是利用同位素、熒光素等進行標記，使用引物和熒光探針同時與模板特異性結(jié)合擴增。擴增的結(jié)果通過熒光信號采集系統(tǒng)實時采集信號連接輸送到計算機分析處理系統(tǒng)，得出量化的實時結(jié)果輸出。熒光定量PCR儀有單通道，雙通道和多通道之分。當只用一種熒光探針標記的時候，選用單通道；有多種熒光標記的時候使用多通道。單通道也可以檢測多熒光的標記和目的基因表達產(chǎn)物，由于一次只能檢測一種目的基因的擴增量，需多次擴增才能檢測完不同的目的基因片斷的量。主要應用于臨床醫(yī)學檢測、生物醫(yī)藥研發(fā)、食品行業(yè)、科研院校等。

4.原位PCR儀

    是用于從細胞內(nèi)靶DNA的定位分析的細胞內(nèi)基因擴增儀。如病原基因在細胞的位置或目的基因在細胞內(nèi)的作用位置等?？杀３旨毎蚪M織的完整性，使PCR反應體系滲透到組織和細胞中，在細胞的靶DNA所在的位置進行基因擴增。不但可以檢測到靶DNA，還能標出靶序列在細胞內(nèi)的位置。于分子和細胞水平上研究疾病的發(fā)病機理和臨床過程及病理的轉(zhuǎn)變有著重大的實用價值。